对难处理样品及已降解RNA进行灵敏、可重复的cDNA合成
理想的逆转录酶可以对大多数难处理RNA样品进行成功的逆转录反应,例如由于制备过程中的降解反应而通常仅含较少的RNA转录本的得自植物样本的RNA。SuperScript® IV逆转录酶拥有极佳的可靠性和灵敏性,是对已降解RNA及含原料污染物的RNA进行cDNA合成的极佳选择(图2)。
图2.使用多种已降解植物RNA进行灵敏、可重复的cDNA合成,同时保持低突变水平。依照所提供的实验方案,在20 µL含随机六聚体引物的SuperScript® IV逆转录酶反应体系中使用1-100 ng的已降解拟南芥总RNA(RIN:1-3)。依照其他供应商所推荐的实验方案,使用其他供应商的逆转录酶进行实验。将RT反应所得的10%的cDNA加入到如图表标题所示的靶向TaqMan® Assays中。将平均Ct值对log10[起始RNA的ng数]进行描点绘图。另将每组起始RNA的标准差针对对测试的不同逆转录酶进行描点绘图。
RT反应:每组输入RNA中n=3,RT qPCR反应:每组RT反应中n=3。
高热稳定性适用于富含GC的模板以及反应中的持久性
RNA的二级茎环结构及富含GC的RNA模板均会影响cDNA合成。SuperScript® IV逆转录酶拥有极高的热稳定性,可在更高温度下(高至55oC)获得出色的表现,从而确保可对富含二级结构的RNA进行成功的逆转录反应(图3)。SuperScript® IV逆转录酶在RT反应全程中均可保持完整的反应活性,从而可在获得全长cDNA中有更佳的表现。
图3.SuperScript IV逆转录酶的高度热稳定性。根据所提供实验方案,在10 µL含oligo(dT)20的SuperScript® IV逆转录酶反应体系中加入500 ng的0.5–10 Kb RNA Ladder,但反应温度选取范围为50-65°C间。通过碱性凝胶电泳将首链cDNA分离出来,随后使用SYBR® Gold Nucleic Acid Gel Stain对cDNA进行染色。使用NaOH使所有RNA水解,从而仅对cDNA进行可视化分析。使用TotalLab软件对每条cDNA条带进行测量,将每组温度下所得的体积进行相加。使用每组反应温度下的总体积与50°C下的总体积相比,通过其比率计算得到反应活性百分比。
仅需10分钟的加速的cDNA合成以及高得率的cDNA制备。
SuperScript® IV逆转录酶可在十分钟内合成9 kb长的cDNA,这是SuperScript® III逆转录酶及其他竞争产品做不到的(图4、5)。
图4.快速的cDNA合成速率。根据所提供实验方案,在10 µL含oligo(dT)20的SuperScript® IV逆转录酶反应体系中加入500 ng的Millennium™ RNA Marker。依照其他供应商所推荐的实验方案,使用其他供应商的逆转录酶进行实验,但使用10分钟的反应时间。通过碱性凝胶电泳将首链cDNA分离出来,随后使用SYBR® Gold Nucleic Acid Gel Stain对cDNA进行染色。使用NaOH使所有RNA水解,从而仅对cDNA进行可视化分析。
图5.SuperScript® IV逆转录酶的cDNA合成实验方案简单,可轻松获得全长cDNA。